course-details-portlet

BT2100

Beregningsbasert bioteknologi

Velg studieår
Studiepoeng 7,5
Nivå Videregående emner, nivå II
Undervisningsstart Vår 2025
Varighet 1 semester
Undervisningsspråk Engelsk
Sted Trondheim
Vurderingsordning Skriftlig skoleeksamen

Om

Om emnet

Faglig innhold

Målet med dette kurset er å forberede bioteknologiske studenter til et stadig mer beregningsbasert arbeidsmarked. De siste årene har vi vært vitne til flere teknologiske fremskritt innen multi-omics-tilnærminger med høy gjennomstrømning, som genererer enorme mengder data og flytter flaskehalsen i utviklingen av nye bioteknologiske applikasjoner fra våtlaboratoriet til datamaskinen (så kalt tørr-lab). Dette målet er også i tråd med NTNUs visjon om å øke digital styrke i utdanning og forskning.

Innholdet i emnet stammer fra tett sammenkoblede felt, nemlig bioinformatikk, beregningsbiologi, systembiologi og datavitenskap. Pensum er delt inn i to hoveddeler:

Del I - Fra sekvenser til funksjoner:

  • Historien om genomsekvensering
  • Metoder for genomannotering
  • Sekvensjusteringer og fylogenetiske trær
  • Proteinstrukturer og domener
  • Funksjonell annotering og ontologier

Del II - Fra funksjoner til systemer:

  • Multi-omics-teknologier
  • Dataanalyse og visualisering
  • Biologiske nettverk og reaksjonsveier
  • Reaksjonsvei-anrikelse analyse
  • Modellering av biologiske systemer

Læringsutbytte

  • Lær historien om bioinformatikk og beregningsbiologi.
  • Forstå genomsekvenseringsmetoder og deres begrensninger.
  • Bruk beregningsverktøy for genommontering og annotering.
  • Forklar prinsippene og anvendelsene for sekvensjustering.
  • Pakk ut informasjon fra bioinformatikkdatabaser ved hjelp av kommandolinjeverktøy.
  • Utvikle skript for å behandle og analysere forskjellige typer datasett.
  • Kombiner forskjellige datakilder for å analysere funksjonen til gener og proteiner.
  • Forstå funksjonene og begrensningene til flere omics-teknologier.
  • Kontekstualisere mangfoldig informasjon ved hjelp av biologiske veier.
  • Lag matematiske modeller av enkle biologiske systemer.

Læringsformer og aktiviteter

Undervisningen vil bestå av:

  • Forelesninger: 3 t/uke (teori og aktiv diskusjon)
  • Datalab: 3 t/uke (programmeringsøvelser)
  • Prosjekter og selvstudier: ca 6 t/uke

Obligatoriske aktiviteter

  • Gruppeprosjekt 1
  • Gruppeprosjekt 2

Mer om vurdering

Evalueringen vil bestå av 2 deler:

  • To gruppeprosjekt, obligatorisk, ikke gradert.
  • Avsluttende skriftlig eksamen.

Kursmateriell

Vil bli oppgitt ved kursstart.

Fagområder

  • Bioteknologi

Kontaktinformasjon